Vendbanimi më i hershëm në Butrint ka qenë ndoshta i kufizuar në kodrën e akropolit, e cila u përdor përgjatë epokës së bronzit të vonë në pjesën lindoreMë vonë, gjatë periudhës helenistike, Butrinti u shndërrua në një koinon vetëqeverisës të quajtur Prasaib, brenda grupit të Kaonëve që ishin një nga fiset e rajonit të njohur në antikitet si Epir. Gjatë epokës helenistike të vonë qyteti njohu një zhvillim të madh i cili u reflektua në ndërtimin e teatrit, agorasë dhe mureve mbrojtëse që rrethonin kodrën e akropolit dhe faltoren e Asklepit në shpatin e tij jugor.
Megjithatë, i gjithë rajoni u tërhoq shpejt në ngjarje dhe luftëra që pasonin ngritjen e fuqisë së Republikës Romake. Luftërat civile romake midis Cezarit dhe Pompeut të cila u zhvilluan përgjatë kësaj vije bregdetare sollën ndikimet e veta. Me fitoren e Augustit, Butrinti u shndërrua në një koloni romake dhe njohu një zgjerim të gjerë urban përtej qytetit antik në fushën e Vrinës.
- Butrinti pësoi ndryshime të rëndësishme në shekujt tretë dhe të katërt pas Krishtit
Natyra e qytetit ndryshoi dhe pjesët periferike të qytetit u braktisën. Një mur i ri i qytetit u ngrit në fund të shekullit të pestë në përgjigje të sulmuesve gotikë dhe vandalë. Një sërë monumentesh të tjera u ndërtuan në këtë kohë pavarësisht jetës së paqëndrueshme politike dhe ekonomike të antikitetit të vonë.
Qyteti i hershëm mesjetar ishte padyshim një entitet shumë i reduktuar, por që filloi të ringjallej si qendër urbane rreth shekullit të IXButrinti në këtë kohë formonte një postë kufitare në perëndim të Perandorisë Bizantine. Më vonë, normanët e Italisë jugore, nën drejtimin e Robert Guiskardit dhe pasardhësit të tij francez, Karli Anzhu, përdorën Butrintin si bazë për sulmet kundër Perandorisë Bizantine. Butrinti dhe Korfuzi mbetën nën kontrollin e francezëve anzhuin deri në vitin 1386, kur të dyja u blenë nga Republika e Venedikut, për t'u përdorur si bastione në luftërat e gjata të Venedikut kundër Republikës së Gjenovës dhe Perandorisë Osmane.
- Butrinti shpejt e gjeti veten në skaj të pushtetit osman turk ku në 1537 qyteti u pushtua nga Sulltan Sulejmani i Madhërishëm
Në vitin 1572 qyteti i vjetër u shkatërrua plotësisht dhe një qendër e re administrative u formua në anën jugore të Kanalit të Vivarit, rreth fortesës më të vogël trekëndore që kontrollonte peshkoret. Turqit e pushtuan vendin përsëri në 1716, nën Sulltan Ahmetin e III, dhe e përdorën atë si bazë për një sulm të dytë të dështuar në Korfuz.
Më vonë, francezët e pushtuan Butrintin në 1797 si pjesë e ekspeditës ambicioze të Napoleonit në EgjiptZotërimi francez i kështjellës dhe peshkoreve në Butrint ishte jetëshkurtër dhe brenda pak vitesh, Butrinti u pushtua sërish nga turqit, në duart e të cilëve mbeti deri në vitin 1912, kur u krijua shteti i ri Shqiptar.
- Gërmimet e para arkeologjike në zonë u kryen pas Luftës së Parë Botërore nga Misioni Arkeologjik Italian nën drejtimin e Luigi Ugolini
Pas Luftës së Dytë Botërore, puna arkeologjike në Butrint vazhdoi nën kontrollin e institucioneve shqiptare dhe më pas, nga viti 1989, si ekspedita bashkëpunuese me të huaj.
