Rreth 3000 vjet më parë, zona ishte një lagunë e lidhur me detin Jon. Ky pozicion strategjik në fund të gadishullit të Ksamilit të sotëm çoi në themelimin e qytetit. Legjenda e themelimit të qytetit përfshinte Helenin, djalin e mbretit Priam, i cili u përpoq të sakrifikonte një dem në anijen e tij, por që shpëtoi dhe u hodh në breg para se të jepte shpirt. Në të njëjtin vend u themelua qyteti. Virgjili, poeti romak i epokës së Augustit, përjetësoi Butrintin duke e bërë atë një nga vendet ku heroi i tij Enea ndaloi në udhëtimin e tij të gjatë drejt Italisë.

Vendbanimi më i hershëm në Butrint ka qenë ndoshta i kufizuar në kodrën e akropolit, e cila u përdor përgjatë epokës së bronzit të vonë në pjesën lindore. Më vonë, gjatë periudhës helenistike, Butrinti u shndërrua në një koinon vetëqeverisës të quajtur Prasaib, brenda grupit të Kaonëve që ishin një nga fiset e rajonit të njohur në antikitet si Epir. Gjatë epokës helenistike të vonë qyteti njohu një zhvillim të madh i cili u reflektua në ndërtimin e teatrit, agorasë dhe mureve mbrojtëse që rrethonin kodrën e akropolit dhe faltoren e Asklepit në shpatin e tij jugor.